Функція ізоляторів спрямована, як виявлено в експериментах з плодовими мухами. gypsy був вставлений у жовтий локус y Drosophila melanogaster, що призвело до інактивації гена y в деяких тканинах, але ген y все ще був активним у деяких тканинах, оскільки на одному кінці gypsy була послідовність ізолятора. gypsy матиме різний вплив на активність гена, коли gypsy вставляється в різні місця в локусі y. Це тому, що активність гена y регулюється чотирма енхансерами. Коли ізолятор вставляється безпосередньо перед промотором, він блокує активацію генів у тканинах лопатки крила та кутикули тіла (від енхансера, що йде вище). Але не блокував експресію гена y (від нижнього енхансера) у щетинках і передніх пазурах.
Оскільки деякі енхансери розташовані вгорі, а деякі – нижче за промотор, ефект ізолятора не залежить від положення ізолятора відносно промотора. Тому причина спрямованості ефекту ізолятора насправді не зрозуміла. Було виявлено, що два локуси впливають на функцію ізолятора шляхом транс-активації. Нуклеопротеїн, який кодується геном S2J(Hw), розпізнає інсулятор і лише після зв’язування інсулятора з ним починає проявляти ізолюючу дію. Коли цей ген мутує, ефект ізоляції втрачається, незважаючи на вбудовування ізолятора в y-локус, і y експресується в усіх тканинах. Іншим локусом є mod(mdg 4). Після мутації цього гена його ефект прямо протилежний Su(Hw), тобто ці мутанти підсилюють ізоляційний ефект, роблячи ізоляційний ефект ізолятора більше не спрямованим і розширеним, тобто блокуючи вплив підсилювачів на обидва вгору та вниз за течією.
